L'Acquario civico di Milano fu istituito nel 1906, nell'ambito dell'Esposizione Internazionale di Milano, ed è l'unico padiglione costruito nel parco Sempione a non essere stato smantellato una volta conclusosi l'evento. È il terzo acquario più antico d'Europa.

Posizionato nell'attuale area del Parco Sempione, tra l'Arena Civica e il Castello Sforzesco, in pieno centro, è stato oggetto per 3 anni di un lungo restauro che ha riportato l'esterno all'antico splendore e ha completamente rinnovato gli interni con nuove vasche, pur mantenendo l'interesse originale: offrire una dettagliata visione degli ambienti acquatici d'acqua dolce e marini italiani.

La storia dell'Acquario Civico milanese prende il via nel 1906 quando a Milano si tiene una grande Esposizione Internazionale per festeggiare l'apertura del traforo del Sempione. Costruito su progetto dell'architetto Sebastiano Locati, l'Acquario viene inaugurato il 28 aprile del 1906, ed è considerato uno degli edifici di maggior pregio e significato del liberty milanese. Due anni dopo la sua inaugurazione, nel 1908, l'Acquario viene inoltre arricchito dalla costituzione di una Stazione di biologia e di bioidrologia applicata.

L'Acquario continua la sua attività fino all'agosto del 1943 allorché, colpito dalle bombe anglo-americane, viene notevolmente lesionato. Nel 1952 cominciano i primi lavori di sistemazione che, nel 1960, divengono una vera e propria ristrutturazione. Questa ristrutturazione si occupò prevalentemente delle vasche e poco fece per la preservazione architettonica dell'edificio. Nel 1963 l'Acquario riapre e, sotto la guida del suo direttore Menico Torchio, ricomincia ad essere operativo sia dal punto di vista della ricerca scientifica sia di quello puramente ostensivo, rivolto al grande pubblico.

Intorno agli anni '90 si comincia a percepire la necessità di un ulteriore ammodernamento dello storico edificio e della concreta possibilità di una ridistribuzione di tutti gli spazi. Prende dunque il via nel 2003, ad opera degli architetti Piero De Amicis e Luigi Maria Guffanti (con la supervisione scientifica del direttore dell'Acquario, Mauro Mariani) la ristrutturazione dell'intero edificio che, terminata nella primavera del 2006, ha permesso di restituire alla città questo importante edificio notevolmente rinnovato, celebrandone, al contempo, I primi cento anni di vita.